1. iProX简介

人类蛋白质组计划已进入全面发展时期，海量蛋白质组实验数据源源不断产出，学术界对蛋白质组大数据获取、管理和共享的需要日益迫切。为了支撑国内蛋白质组项目对数据分析、管理和共享的需求，国家蛋白质科学中心北京中心的生物信息组团队于2014年进行了蛋白质组数据资源中心iProX的开发和发布，为学术界提供一个蛋白质组数据提交及共享的平台。为更好的实现蛋白质组数据资源动态调整和分配，2016年度基于超融合架构构建云平台环境，进行了蛋白质组大数据资源系统云平台的研发，并与2017年2月进行2.0版发布，以满足应用对于资源高性能、高可靠、安全性和高可适应性的要求。

2. 系统要求

目前，iProX提交系统在Chrome（v55）、Firefox（v52）和IE（v10）上面通过测试，建议使用Chrome和Firefox两种浏览器的最新版本。

3. iProX首页

iProX系统（www.iprox.org）首页如下图1所示，页面上主要包括了登录、注册，浏览、搜索系统数据等几个功能。

4. 注册和登录

4.1 注册

注册页面如下图2中各个页面所示，请根据页面提示进行注册信息填写，完成后，iProX系统将给用户填写的邮箱发送确认邮件，点击确认链接激活后，即可以使用注册的用户名（UserName）和密码（Password）登陆系统。

注册信息填写完成后，请确认填写信息的正确性（图3）后提交申请，系统将给注册时填写的邮箱发送确认邮件，请点击邮件中的链接激活注册。

4.2 登录

完成注册后，点击首页“登录”键进入登录页面（图4），使用注册时填写的用户名和密码，并输入页面显示的验证码即可登录。

4.3 找回密码

找回密码时，输入注册时使用的邮箱，系统会向邮箱发送修改密码的链接；点击该链接可以进行密码重置。

4.4 用户信息管理

将鼠标悬浮于页面右上方用户名处（如图6），即可显示用户信息相关的功能键，分别进行用户信息修改（My Profile）、密码修改（Change Password）和退出登录（Log Out）。

5. 提交数据

5.1 创建项目

iProX提交系统以项目为数据管理单位的（相当于一次完整的实验研究），一个项目下可以有多个子项目（多次实验结果）。可以认为一个子项目为一个项目下面的一次实验；如果没有重复/对照等不同类型的实验，一个项目下面可以只有一个子项目。

添加新项目的步骤如图7所示。登录系统后，用户可以直接通过首页上方“Project  New Project”（图7-A）的方式创建新项目，或者通过选择“My Space”，然在Project Tree下方点击Project，再选择右侧的"New Project"进行新项目创建（图7-B）。

项目信息填写页面如图8所示。页面上的导航栏显示了iProX系统中完整的数据提交过程，基本步骤包括：创建项目创建子项目（一个/多个）在子项目下上传数据文件提交项目（包括下面所有子项目）。

页面中有“*”标记的为必填项，其他内容为选填项。

isPublic：选择项目（包括下面子项目）共享权限，“public”为立即向公众公开，“To be public”用户可以选择数据公开的时间，“private”为暂不公开（直到用户修改权限后才公开）。

Add to Groups：将项目（包括下面子项目）共享到选择的群组，选择后，即使是“private”的项目和子项目，也对该group成员公开。

Add to subprojects：将项目（包括下面子项目）添加到选择的超项目，选择后，项目和子项目的实验元信息可通过超项目浏览，但项目和子项目数据的访问权限同“isPublic”中的选择。

填写完信息后点“Continue”保存当前填写信息进入下一步。

5.2 创建子项目

iProX系统是以项目为数据管理单位的（相当于一次完整数据提交），一个项目下可以有多个子项目（多次实验结果，之间有关系，如对照实验或重复实验）。 完成项目信息填写后点击页面上的continue即可在该项目新建子项目，或者通过My SpaceProject Tree，选定项目名，然后点击右侧的“New Project”即可在该项目下新建子项目（如图9所示）。

子项目信息填写页面如图10所示，页面中有“*”标记的为必填项，其他内容为选填项。

子项目中大量实验元信息需要通过标准的控制词汇表（CV，Control Vocabulary）进行填写，包括Species、Tissue、Cell type等，点击“Chose”键，在填出的控制词汇表窗口进行条目选择（图11），可以通过常用列表选择条目或者搜索条目进行填写；点击“New”键，可以对同一信息进行多行内容的填写。

“Commonly used value”下拉可以看到CV term的常用列表（图11-A），分为系统添加（Commonly used values (System)）和用户自定义添加（Commonly used values (Customized)）的两部分，系统添加的每个用户都能看到和使用（用户不能删除），用户自定义添加的只有用户自己能看到，可以删除。

通过“CV terms search”可以进行CV term搜索（图11-B），获得搜索结果后，可以直接点击“Choose”选填，或者点击右侧“Add to list”添加到用户常用，以便以后使用。

子项目信息页面的质谱仪器信息（MS Instrument）、实验过程描述（Experiment protocol）和信息分析过程描述（Informatics protocol）三个部分都含有动态扩展选项（非必选），点击“More”展开详细内容后可以选项相应CV条目进行填写，并且用户能将每个部分对应填写的详细内容自定义为模版保存，方便以后使用。

5.3 上传数据文件

iProX系统中数据文件在子项目下面上传。完成子项目信息页面填写后点击页面下方的Continue进入上传文件页面，即可在当前子项目下上传文件；或者通过My SpaceProject Tree，选定子项目名，然后点击右侧的“Upload” 进入上传文件页面，即可在选定子项目下上传文件。

iProX提供两种上传文件的方式：通过网页直接上传（Upload by Browse），适合少量并且较小的文件（网页上传文件大小不能超过4Gb）；通过Aspera插件上传（upload by Arowse），适合大量较大的文件（不受文件大小和数量的限制）。

同时iProX提供两种数据提交方式：完整提交(Complete submission)和部分提交(Partial submission)。

完整提交需要包含的文件：

① 结果文件（result）：mzIdentML（要有对应的PEAK文件，即spectra）、prideXML

② 质谱仪器产出的原始文件（MS instrument raw output）

部分提交需要包含的文件：

① 搜库文件（SEARCH）:即搜索引擎输出的结果文件 (search engine results, protein/peptide identifications).

② 质谱仪器产出的原始文件(MS instrument raw output)

规则判断：

① 如果用户选择了complete submission，选择上传的文件中必须有RAW，和RESULT(PRIDE XML)或RESULT(mzIdentML)中的一种，并且如果是mzIdentML还要求有PEAK文件

② 如果用户选择了partial submission，选择上传的文件中必须有RAW和SEARCH

③ 选择了partial submission后，用户选择上传的文件中不能有PRIDE XML或mzIdentML，如果有系统根据后缀判断的，或者用户手动选择这两类文件，提示用户应该返回选择complete提交

如图14所示，选择好提交数据的方式（Complete submission/Partial submission）和上传文件方式（Browse/Aspera）后，点击“Add file”选择本地要上传的数据文件，可以同时选择多个文件；系统会根据文件名后缀自动判断文件类型，对判断不正确的文件类型，可以点击文件后面的下拉菜单进行修改，可为每个文件添加其一个多个关联的文件。完成上述操作后请点击“Start upload”进行文件上传，文件上传完成后页面上会出现提示，然后可以点击“Continue”进入提交页面，或者点击“Add New Subproject”再创建一个子项目。

5.4 提交项目和子项目

数据文件上传完成后，项目和子项目默认都是save状态，通过My SpaceProject Tree，选定项目/子项目名可在右侧查看填写好的项目/子项目信息，点击右侧上方的功能键进行相应操作：New Subproject在项目下添加新子项目，Edit进行项目/子项目信息修改页面，Upload在项目下上传新文件，delete删除save状态的项目/子项目。

确认项目/子项目信息无误后，点击页面上方submit进入数据提交页面（图15），选择要提交的项目（该项目下所有子项目会自动选择，子项目和项目必须一起提交，享有相同的发布时效和被访问权限），点击下方“submit”键后项目（包括子项目）将提交给iProX数据管理员进行发布前审核，审核通过后提交着邮箱和站内信将收到相应通知，此时用户上传的数据文件正式完成提交。

6. 下载数据和分享数据

登录用户通过My SpaceProject Tree可以查看在iProX系统中有权限访问的所有数据，包括自己提交的数据（Project下方），加入群组内共享的数据（Groups下方，群组功能详见第6节中介绍），以及系统中所有公开发布的数据（点击Public Project跳转）。对每个用户有权限访问的项目和子项目，可直接从子项目文件列表处下载数据（http和Aspera两种方式，见图17）。

如图17所示，用户可以选择一个或者多个文件，点击share键生成文件共享链接（可以选择链接有效期，30天/60天/90天/180天），将URL链接和密码分享给其他用户。

如图18所示，在Project Tree下面选择项目，在点击右侧Share键既可生成该项目的共享链接和密码，同时也可以选择链接有效期（30天/60天/90天/180天）。通过该链接和密码可以查看该项目下的所有子项目和数据，通过该方式可以实现private和save状态数据的分享，完全可以满足杂志投稿的需求。

7. 群组管理功能

iProX提交系统的群组管理模块如图19所示，点击Group展开相关功能菜单，可以实现用户定制群组、管理群组等功能。

通过“My Group”查看用户创建及已加入的群组（图20-A）：群组创建者和群组管理员在该页面，可以查看群组信息、查看群组成员、解散群组（需iProX系统管理员批准）；群组普通成员：查看群组信息、申请成为群组管理员（需群组管理员批准）、申请退出群组（需群组管理员批准）。

通过“Not joined Group”显示用户未加入的其他群组（图20-B），用户可以在该页面申请加入，需等待群组管理员批准后生效。

通过“Create Group”用户可以创建自己的群组，需要等待iProX系统管理员批准后生效（图20-A）。

当用户已经创建或者加入了一些群组后，就可以在创建项目时添加群组权限（见5.1节中图8）将自己提交的数据集向指定的群组内成员公开，这一功能对多团队合作的研究工作十分有用，课题实施期间产出的实验数据可以在团队创建的群组内共享。

8. 超项目管理功能

为支持国内多团队合作的大型研究项目，iProX中开发了以实体基金为支撑的超级项目功能模块（如图21，Super Project功能模块）。与群组功能不同之处：所有超项目信息公众可见（可以通过Browse页面浏览，而群组仅面向内部共享），并且超项目必须有实体基金支持，系统管理员审核后才能创新一个新的超项目。

通过“My Super Project”查看用户创建及已加入的超项目。对于超项目创建者及管理员在该页面，可以查看超项目信息、查看超项目下所有数据元信息、查看超项目成员、添加其他用户为超项目成员、解散超项目（需系统管理员批准）；

通过“Not joined Super Project”显示用户未加入的其他超项目，用户可以在该页面申请加入，需等待超项目管理员批准后生效。

通过“Create Super Project”用户可以创建新的超项目，需要等待iProX系统管理员批准后生效。超项目的创建需要系统管理员进行严格审核，确定有对应真实支撑的基金项目/课题（图22）。

当用户已经创建或者加入了一些超项目后，就可以在创建项目时添加群组权限（见5.1节中图8）将自己提交的数据集加入指定的超项目。

9. 站内信功能

iProX系统还包含了站内信的功能模块，让用户能及时了解自己相关的动态信息，如创建群组、申请加入群组等操作获得批准后，均能通过站内信收到相关通知。

如图23所示，点击页面右上角用户名右侧则会展开站内信功能模块，“MESSAGE”模块中显示的为用户收到的各类通知，可以查看和删除，不能进行其他操作；“Apply”模块中显示的为需要用户处理的操作通知，比如其他用户申请加入该用户创建的群组/超项目，可以在此处同意/拒绝申请。

10. iProX中鉴定结果展示

对于用户上传的prideXML和mzIdentML两种标准格式结果文件，iProX系统会在后台进行解析，解析完成后，对应文件后View功能键变成绿色（图24），点击可进入鉴定结果展示页面分别进行蛋白列表展示（图25-A）、肽段列表展示（图25-B）、谱图列表展示（图25-C）、谱图展示（图25-D）和统计结果展示（图25-E）。

11. 浏览iProX中的数据

每个登录用户可以通过“project tree”浏览自己提交的项目（子项目）、所属群组的项目（子项目）以及系统中所有public的项目（子项目），并且下载下面对应的数据文件。

每个登录用户和匿名用户可以点击首页“Browse”键进入数据集浏览页面，如图26-A所示，通过在“Browse by Project Type”选择Project/Subproject/Super Project，按照项目/子项目/超项目形式浏览iProX系统中有权限访问的数据。如图26-B所示，通过在“Browse by Sample Type”选择实验元信息的类别进行浏览。

12. 搜索iProX中的数据

在iProX中可以通过常规搜索和高级搜索查询数据。

如图27所示，在常规搜索（Ordinary Search）中，通过“Browse by Project Type”选择Project/Subproject/Super Project，或者通过在“Browse by Sample Type”选择实验元信息的类别，然后输入关键词进行搜索，对得到的结果还可以通过结果上方的search框进行进一步筛选。

如图28所示，在高级搜索（Advanced Search）中，通过选择、添加多个组合条件进行精确搜索。